Mustafa Batman, Lisans eğitimini 2011'de Boğaziçi Üniversitesi Tarih Bölümü’nde, yüksek lisans eğitimini ise 2013'te İstanbul Şehir Üniversitesi Tarih Bölümü’nde tamamladı. 2022 yılında Boğaziçi Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü’nde sunduğu “Tax Revolts in the Late Ottoman Empire: Conflict, Negotiation, Pacification 1876-1908” başlıklı teziyle doktor ünvanı elde etti. 2019-2020 akademik yılında Yale University The Whitney and Betty MacMillan Center for International and Area Studies biriminde misafir araştırmacı ve Yale Law School bünyesinde proje araştırmacısı olarak; 2024-2025 akademik yılındaysa Duke University Political Science Bölümü’nde doktora sonrası araştırmacı olarak bulundu. Boğaziçi Üniversitesi’nde Modern Türkiye Tarihi dersleri ve Artvin Çoruh Üniversitesi’nde Modern Türkiye ve Geç Osmanlı İmparatorluğu’nun ekonomik ve sosyal tarihi üzerine dersler verdi.